魔神が生まれた日
覚醒の白き騎士
偽りのクラスメイト
その名はゼロ
皇女と魔女
奪われた仮面
猫に仮面を奪われる回。
コーネリアを撃て
コーネリアがゼロを誘き出すためにサイタマゲットーでシンジュク事変に酷似した作戦を展開する回。
黒の騎士団
河口湖畔のホテルで日本解放戦線のメンバーが人質を取って立てこもる事件が起きる。生徒会メンバーとユーフェミアが人質になる。
ここでニーナがユーフェミアを好きになる。
リフレイン
イレヴンの間で蔓延するリフレインの回。黒の騎士団が密売現場に潜入し、カレンが母の姿を見る
紅蓮舞う
日本解放戦線の本拠地がある成田連山にコーネリアが奇襲をかける。紅蓮弍式の初登場
ナリタ攻防戦
成田連山の続き。ゼロの作戦でコーネリア部隊は孤立する。ちょうど良いところでランスロットが現れて黒の騎士団は撤退することになる。スザクはC.C.の能力で行動を封じられる
キョウトからの使者
シャーリーと銃口
ギアス対ギアス
シャーリーに正体がバレたことを疑いナリタ連山に向かうルルーシュ。マオと出会う。
喝采のマオ
ゼロとマオのギアスの戦い。C.C.はマオの目的を理解してゼロの元を離れる。
囚われのナナリー
警察に撃たれたマオが実は生きていた。ルルーシュに復讐するためマオはナナリーを誘拐。
騎士
ナリタ連山での作戦で藤堂中佐は捕らえられ形を執行されることになっていた。執行はスザクが担当することになる。四聖剣は黒の騎士団に協力を求め、チョウフ基地を攻める。藤堂の攻撃によってランスロットのパイロットがスザクであることが分かる。
枢木スザクに命じる
ユーフェミアがスザクを騎士に任命する。スザクと共に式根島を訪れたところ、ルルーシュの作戦によってスザクは捕虜にされそうになる。
遺跡研究のために式根島を訪れていた第二皇子シュナイゼルが登場、スザク諸共ゼロを消そうとする。ギアスをかけるつもりはなかったルルーシュだが状況に責められてスザクにギアスをかけて脱出する。
神の島
ルルーシュたちは神根島で目覚める。ルルーシュはユーフェミアと、スザクはカレンと行動を共にする。ユーフェミアはゼロの正体がルルーシュであることに気づいていた。
同じタイミングでシュナイゼルたちは遺跡の調査を行っていた。
キュウシュウ戦役
かつて枢木政権のメンバーだった澤崎がフクオカ基地を占拠して「日本」として独立を宣言。しかしこれは中華連邦の傀儡だった。ゼロはこれに賛同せず、ランスロットと協力。その後、黒の騎士団が真の独立国家トウキョウを立ち上げると宣言する。
学園祭宣言！
学園祭を訪れたユーフェミアが行政特区日本の設立を宣言する。特区ではイレブンも日本人の名を取り戻し、ブリタニア人の特権も失われる。これによって黒の騎士団やテロ組織の存在価値が危ぶまれる。
血染めのユフィ
特区日本の設立に向けて各組織が動きはじめた。ルルーシュは街中で遭遇した貴族と揉めた際にギアスを使おうとするが異変を感じる。
ルルーシュはゼロとして行政特区日本の式典に参加する。ユーフェミアと交渉を進め、自分を撃つように仕向ける。ギアスをかけようとしたとき、ユーフェミアは皇位継承権を破棄していたことを告白。これはナナリーのためであった。これを聞いてルルーシュはユーフェミアと協力することを決意するが、その後の会話の中で日本人を殺すことを例として話した際にギアスが発動してしまう。ギアスにかかったユーフェミアはブリタニア軍を動かして虐殺をはじめる。
C.C.と合流したルルーシュは、不本意であったが黒の騎士団にユーフェミアの殺害を命令する。
せめて哀しみとともに
ユーフェミアを見つけたゼロは自らの手でユーフェミアに手を下す。
「さようならユフィ、たぶん、初恋だった」
駆けつけたスザクによって救出される。日本人であるスザクを見てギアスの命令がよぎるがこれに抗う。自分が命令したことを覚えていないまま、行政特区が成功したかをスザクに問う。スザクは事実を隠してユーフェミアの最後を看取る。
皇サクヤたちと合流したルルーシュは、日本人からの反感が高まっているところで合衆国日本の建国を宣言する。
